La lactasa es una enzima codificada por un gen del cromosoma 2 que tienen todos los mamíferos y que les permite tolerar la leche durante la época de lactancia. Conforme se va dejando atrás esta etapa, disminuye la expresión del gen y por tanto la síntesis de lactasa, con lo que el intestino pierde la capacidad de asimilar la lactosa, es decir, el azúcar de la leche. Sin embargo, la especie humana, a diferencia del resto de los mamíferos, desarrolló un polimorfismo del gen LACT hace entre 5.000 y 7.000 años coincidiendo con los hábitos de vida sedentarios del neolítico, que permite que permanezca su actividad, con lo que no se produce la intolerancia.
Esta mutación es muy dependiente de la raza. Por ejemplo, en Suecia, sólo hay un 2% de intolerantes; en USA las personas de raza blanca un 12%, los indios nativos casi un 100% y los de color un 75%. En América latina un 50% de la población es intolerante a la lactosa, en el sur de Europa puede acercarse al 50% y en Sicilia se ha reportado un 70%. En España afecta a entre un 15 y un 20% de la población.
La insuficiencia de lactasa es la razón por la que la digestión de la leche es lenta y limitada para muchas personas, y a veces imposible. La lactosa sin desdoblar pasa al colon (ya que al no estar hidrolizada en monosacáridos no puede pasar a la sangre). Las bacterias del colon la fermentan produciendo ácido láctico, dióxido de carbono, metano, es decir, gases (inflamación, flatulencia) incluso diarreas por cuestiones de hiperosmolaridad. También produce estreñimiento. Los síntomas son más importantes cuanto mayor sea la intolerancia.